پکتوباکتریوم ها گروه مهمی از باکتری های بیماری زای گیاهی هستند که دارای گسترش جهانی می باشند. این باکتری ها محدودیت میزبانی نداشته و اکثر گیاهان آبدار و گوشتی را آلوده می کنند. طی سال های 1386 و 1387 تعداد 38 جدایه پکتوباکتریوم عامل پوسیدگی نرم از میزبان های مختلف منجمله سیب زمینی، پیاز، کلم و هویج در مناطقی از استان های همدان، سمنان، هرمزگان، کرمان، آذربایجان شرقی، خوزستان، زنجان، تهران و اصفهان جداسازی شد. پس از جداسازی باکتری ها، شناسایی آن ها با آزمون های بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی لازم صورت گرفت. تنوع ژنتیکی جمعیت پاتوژن نیز با تکنیک BOX-PCR و آغازگر BOX A1R تعیین گردید. طبق نتایج، کلیه جدایه ها متعلق به گروه “Carotovora" و بهPectobacterium carotovorum subsp. Carotovorum ، P. atrosepticum و Dickeya chrysanthemi  شبیه بودند. در برخی موارد نیز عدم تطابق کامل آن ها با جدایه های شناخته شده در دنیا دیده شد. نتایج آزمون های فنوتیپی و ژنتیکی انجام شده، تنوع بالایی را میان جدایه ها نشان داد و میان اثر انگشت ژنتیکی جدایه ها با منطقه نمونه برداری آن ها ارتباط خاصی دیده نشد.

زمینه و هدف: سویه های سودوموناس آیروژینوزای جداشده از ریه بیماران مبتلا به سیستیک فیبروزیس (CF: Cystic Fibrosis) اغلب سویه هایی هتروژن و مقاوم به آنتی بیوتیک هستند. در این ارتباط، در مطالعه حاضر به بررسی ویژگی های مقاومت آنتی بیوتیکی و تعیین تنوع ژنتیکی این باکتری با استفاده از یک روش مولکولی مبتنی بر توالی های تکراری در نمونه های جداشده از بیماران ایرانی پرداخته شد. روش بررسی: این مطالعه به صورت توصیفی-مقطعی در ارتباط با 100 سویه سودوموناس آیروژینوزا که از مبتلایان به CF جداسازی شده بودند، انجام شد. جدایه ها با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی استاندارد شناسایی و سپس الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی آن ها تعیین شدند. تنوع سویه ها با استفاده از روش های مولکولی ERIC-PCR (Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction) و BOX A1R-PCR (BOX A1R-Based Repetitive Extragenic Palindromic-PCR) تعیین گردید. ارتباط بین انواع مولکولی و الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی نیز با استفاده از آزمون آماری مربع کای مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: نتایج حاکی از آن بودند که 35 درصد از سویه ها مقاومت چند دارویی داشته اند؛ در حالی که تنها دو سویه فنوتیپ جهش یافته قوی (HP: Hypermutator) را از نشان دادند. اکثر سویه ها (96 درصد) به ریفامپین مقاوم بودند و بیشترین میزان حساسیت مربوط به آنتی بیوتیک های استرپتومایسین (96 درصد)، ایمی پنم و مروپنم (به ترتیب با 93 و 94 درصد) بود. در بررسی مولکولی، BOX A1R-PCR توانست 24 الگو را در هشت خوشه و ERIC-PCR 26 الگو را در نه خوشه در کل جمعیت ایجاد کند. نتیجه گیری: فراوانی بالای تنوع و مقاومت چندگانه آنتی بیوتیکی در سویه های سودوموناس آیروژینوزای جدا شده از بیماران CF در ایران، تهدیدکننده سلامت جامعه می باشد؛ بنابراین یافته های مطالعه حاضر می تواند به درک تکامل این باکتری در بیماران CF و کمک به یافتن اهداف دارویی جدیدتر برای کنترل عفونت مزمن CF منجر شود.

بیماری پژمردگی باکتریایی ناشی از Ralstonia solanacearum از بیماری های مهم سیب زمینی در استان همدان است. برای بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های R. solanacearum نمونه های گیاهی مشکوک به آلودگی در بهار و تابستان سال 1389 از مناطق مختلف این استان جمع آوری گردید. کشت اندام های آلوده گیاهی (غده و ساقه) روی محیط نوترینت آگار (NA) حاوی تری فنیل تترازولیوم کلراید و بررسی خصوصیات بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی، منجر به شناسایی 52 استرین R. solanacearum بیوار 2A گردید. برای تشخیص دقیق تر جدایه ها واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای ps96H و ps96I انجام شد. نتایج PCR نشان داد که نمونه ها همراه با نمونه استاندارد یک باند مشابه 148جفت بازی تولید نمودند. تنوع ژنتیکی 26 جدایه انتخابی با آغازگرهای BOX و ERIC مورد بررسی قرار گرفت. طول قطعات تکثیری با استفاده از آغازگر BOX A1R در محدوده 100 تا 1500 bp و آغازگر ERIC از 200 تا 1200bp متغیر بود. گروه بندی جدایه های به دست آمده با روش UPGMA و بر اساس ضریب جاکارد با استفاده از داده های هر دو آغازگر، جدایه ها را در سطح تشابه 74 درصد به 5 گروه اصلی منتسب کرد. نتایج حاصل نشان دهنده آن است که استرین های R. solanacearum جمع آوری شده خصوصیات فنوتیپی و ژنتیکی متفاوتی داشتند، هرچند ارتباط مشخصی بین منطقه جغرافیایی و خصوصیات استرین ها به دست نیامد. این بررسی کارآیی روش PCR با آغازگرهای BOX و ERIC را برای نشان دادن چندشکلی ژنتیکی در جمعیت های R. solanacearum نشان داد.

طی سال های 1386 و 1387، پنجاه و هشت جدایه (Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss از میزبان های مختلف، نظیر هسته داران، چغندرقند، گلابی، به، یولاف، ارزن، برنج، گندم و جو در استان های فارس، کهکیلویه و بویراحمد، چهارمحال و بختیاری و اصفهان جداسازی گردید. جدایه ها بر اساس آزمون بیماری زایی، وجود ژن syrB و BOX-PCR مورد ارزیابی قرار گرفتند. کلیه جدایه ها، صرفنظر از نوع میزبان روی نهال های هلو بیماریزا بودند. تعداد 58 جدایه Pss به همراه جدایه Pss 773-1 IVIA، قطعه 752 جفت بازی با آغازگر syrB را تکثیر نمودند. تجزیه و تحلیل انگشت نگاری ژنتیکی جدایه های Pss با استفاده از آغازگر BOXA1R نشان داد که جدایه های هسته داران، غلات و دانه داران گروه های نسبتا متمایزی را تشکیل داده و از سایرین قابل تفکیک می باشند. این نتایج نشان دهنده وجود ترجیح میزبانی نسبی در میان جدایه های مختلف Pss می باشد.

آغاز گلدهی فاکتور مهمی است که عملکرد گیاه را تحت تأثیر قرار می دهد. عوامل محیطی تأثیر معنی داری بر مرحله گلدهی می گذارند. آنالیز بیوانفورماتیک فاکتور رونویسی MADS-box که به عنوان اجزای مهم در تشکیل گلدهی انجام گرفت. برکپودیوم گیاه مدل جدیدی است که برای درک بهتر مکانیسم های ژنتیکی، سلولی و بیولوژی مولکولی گیاهان مورد استفاده قرار می گیرد. در این مطالعه 43 توالی ژن های MADS-box برکپودیوم با استفاده از روابط فیلوژنی، موتیف های محافظت شده، نقشه کروموزومی، آنالیز جایگاه اتصال فاکتور رونویسی و ترکیبات آمینواسیدهای آنالیز شدند. هدف از این مطالعه شناخت بهتر مکانیسم های مولکولی مرتبط با گلدهی می باشد. در این مطالعه، نتایج نشان داد که ژن هایMADS-box بر روی تمامی کروموزوم های برکپودیوم پراکنده هستند، درحالی که کلاسترهای ژنی بر روی تمامی کروموزم ها به جز کروموزم شماره پنج قرار داشتند. آنالیز ترکیبات آمینواسیدی نشان داد که لوسین، سرین و گلوتامات بالاترین مقدار و پایین ترین میزان مربوط به تریپتوفان بود که باعث القای گلدهی می شود. براساس آنالیز فیلوژنی ژن ها به 4 گروه تقسیم بندی شدند. تست تاجیما وجود انتخاب متعادل را در توالی MADS-box پیش بینی می کند و درنتیجه، پلی مورفیسم در توالی ها حفظ می شود. در نتیجه می توان گفت که تنوع کل در ژن های MADS-box بالا بوده است. در مجموع، نتایج ما اطلاعات مفیدی برای بررسی ژن های درگیر در پاسخ به گلدهی فراهم نموده و شناخت مکانیسم مولکولی و روابط بین ژنی در مسیر گلدهی را تسهیل ساخته است.